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「加入我这一组吧，玖式。」 玖式修的青梅竹马，同时也是被称为学园最强魔法师的璃理佳涅伊突然邀请他加入同一组， 并帮忙寻找能一起突破试验的独特伙伴。 玖式就这样遇上了一个人孤零零的灵能力式神使者雾生文香、与试验毫无关系的普通科学生主城晃， 又在某天遇见一位逃进学园的吸血鬼后裔雷蒂。 身怀异能的少年少女们，在这个结合魔法、灵能力、超能力和科学的新世纪学园战区中， 命运的齿轮开始转动。

刻意疏远人际关系且对生活感到绝望的中学生凪沙悠马，某日在快要迟到的上学途中，邂逅一名可爱开朗但又举止怪异的少女──夏海纱音。从此，他的人生遭遇天崩地裂般的大转变。原本的家庭、学校，甚至世界观都荡然无存，迫使他不得不与纱音及新认识的伙伴们，展开了一场奇异的航海冒险。而悠马与纱音的关系，也在旅程当中起了微妙的变化……